Les guerres civils al Japó donen lloc a les princeses generals. Yoshiharu Sagara, un jove de l'era contemporània, viatja des del futur per solucionar l'entrellat.

Unes quantes dècades cap al futur, la humanitat està assetjada per una raça alienígena coneguda com els Nova. Aquests éssers inhumans deixen devastació al seu pas allà on apareixen, i els esforços per a evitar-los es coneixen com a Trobades de Nova. A les noies conegudes com a "Pandores" i els nois coneguts com a "Limitadors" se'ls implanten estigmes per a donar-los poders sobrehumans i se'ls entrena en acadèmies militars, on han d'aprendre a treballar junts, si volen que la humanitat tingui alguna oportunitat de sobreviure. Freezing explica la història de l'Aoi Kazuya mentre es prepara per al seu primer dia a l'acadèmia militar de West Genetics, just quan les Pandores estan duent a terme una batalla real. És aquí on confon Satellizer L. Bridget, una poderosa Pandora coneguda com a "Reina Intocable", amb la seva germana difunta i l'abraça. Ella decideix prendre'l com al seu Limitador. L'únic dubte és si la seva associació pot sobreviure o no a les maquinacions dels seus superiors i a la batalla imminent amb els Nova...

La vida normal de l'otaku Hajime Nagumo, de 17 anys, es veu interrompuda quan ell i els seus companys són transportats a un món de fantasia i tenen la tasca de salvar la humanitat. Mentre que els seus companys de classe tenen habilitats impressionants útils en combat, en Hajime és menyspreat perquè tan sols té una habilitat de transmutació inferior sense cap mena de poder ofensiu real. Quan acaba separat del seu grup dins d'una masmorra, en Hajime es veu obligar a descobrir el seu propi talent o bé deixar-hi la pell.