Després de la Tercera Guerra Mundial, la Terra va quedar desolada i l'aigua que escassejava es va convertir en el recurs més valuós per als supervivents de les explosions nuclears. Les grans civilitzacions van acabar destruïdes i ara la força i la violència és l'única llei que rig el Món, però, tot açò està a punt de canviar...

En els darrers anys de l'era Bakumatsu va viure un llegendari assassí anomenat Hitokiri Battousai. Temut com a assassí sense pietat, no tenia igual a tot el país, però va desaparèixer misteriosament al punt àlgid de la Revolució japonesa. Han passat deu anys pacífics d'ençà, però la simple menció d'en Battousai continua causant terror al cor dels veterans de guerra. Sense que ells ho sàpiguen, en Battousai ha abandonat el seu estil de vida sanguinari per a mirar de penedir-se dels seus pecats, i ara viu sota el nom de Kenshin Himura, un espadatxí vagabund amb una actitud alegre i una voluntat forta. Amb la voluntat de no tornar a matar, en Kenshin es dedica a protegir els febles. Un dia, topa amb la Kaoru Kamiya al seu dojo de kendo, que està sent amenaçada per un impostor que diu ser en Battousai. Després de rebre ajuda d'en Kenshin, la Kaoru li permet romandre al dojo, de manera que l'exassassí deixa temporalment els seus viatges. La sèrie explica la història d'en Kenshin mentre s'esforça per salvar els qui cal salvar. Tanmateix, a mesura que comencin a aparèixer enemics tant del passat com del present, serà el reformat assassí capaç de defensar els seus nous ideals?

A mitjans del segle XXI van aparèixer per tot el món individus poderosos amb una força sobrehumana. Aquestes persones que vestien roba cridanera i realitzaven gestes increïbles en nom de la pau es van conèixer com a herois, figures simbòliques de la nació d’on provenien. Al Japó, la Teru Momijiyama, una estudiant de secundària de 14 anys, és àmpliament coneguda per la seva identitat secreta com a heroi del Japó, la Shy.
Com a noia jove i tímida, la Shy és una heroïna força nova amb moltes coses a aprendre. Té problemes per confiar en si mateixa i es demana si és digna del títol d’heroïna. Tot i això, la Shy s’esforça a salvar la gent i fer allò que és correcte. A mesura que es revelen noves i poderoses amenaces, la Shy haurà de cooperar amb herois d’arreu del món tot aprenent què significa ser una heroïna.