La classe d'en Shinichi i la Ran decideixen fer un viatge en vaixell. En un primer moment en Shinichi decideix no anar-hi, però ràpidament canvia d’opinió quan troba una carta de desafiament que indica que un company serà segrestat durant el viatge. En Shinichi accepta el repte, però quan la que desapareix és la Sonoko, en Shinichi ha d’utilitzar totes les seves habilitats de raonament per cercar-la i a la vegada seguir protegint els altres estudiants. Després del fracàs, en Shinichi rep una trucada del segrestador que indica que ara raptarà un altre estudiant, exactament a les dotze del migdia. Ara en Shinichi s’ha de recuperar del seu fracàs anterior i espera evitar una nova tragèdia, hi ha quatre sospitosos i, per desgràcia, compta amb l'ajuda d'en Kogoro Mouri.

L'any 2050 dC, una misteriosa organització anomenada Galactor ha ocupat la meitat de la Terra i amenaça d'exterminar la raça humana. Al voltant de la mateixa època, l'Organització Internacional de la Ciència havia descobert unes pedres misterioses que tenen uns poders inusuals. Es diu que una persona d'aproximadament vuit milions és capaç d'aprofitar el poder de les pedres; es coneixen com a "l'Escollit". El Dr. Kozaburo Nambu reuneix un equip amb cinc d'aquests afortunats escollits. Conegut com l'equip "Gatchaman", la seva missió serà derrotar els Galactors i alliberar tot el planeta terra de la seva ocupació.

En Kabamaru va ser un noi orfe des de molt jove i va ser entrenat pel seu avi, Saizo Igano, en les arts ninja. El Sr. Saizo era un mestre molt estricte, castigant la incompetència o la desobediència amb la violència física. En el moment en què mor el seu avi, en Kabamaru coneix la Ran Ookubo, i se'n va a viure amb ella a Tòquio, on ha d'assistir a l'escola Kin'gyoku, de la qual la Sra. Ran n'és la directora. En arribar-hi, en Kabamaru coneix la Mai, la néta de la Ran, i se n'enamora a l'instant, però aquesta troba els hàbits d'en Kabamaru repulsius. Poc després d'arribar a l'escola, en Kabamaru descobreix que el líder n'és en Shizune Mejiro, un estudiant ric, il·lustrat i popular, que oculta que en realitat és un poderós lluitador que sempre vol enfrontar-se a l'escola rival.

El nét del famós lladre de guant blanc Arsène Lupin haurà de robar el famós «Cor porpra de Cleopatra», un diamant tan poderós que es diu que qui el posseeixi controlarà el món. Per això haurà d'organitzar un equip de companys de primer nivell per cometre el gran cop: Daisuke Jigen, un mestre amb les armes; Ishikawa Goemon, un expert samurai; i Fujiko Mine, una letal i sexi lladre. Tot això mentre és perseguit sense descans per l'Inspector Zenigata, que ha jurat no descansar fins a veure en Lupin III tancat a la presó.